Institutul de Arheologie din Iași își are originile în eforturile de instituționalizare a cercetării arheologice din cadrul învățământului universitar ieșean. Deși Institutul a dobândit autonomie de-abia în 1990, după jumătate de secol de funcționare în cadrul Institutului de Istorie „A.D. Xenopol”, începuturile Institutului, sub forma Muzeului de Antichități al Universității, datează din primele decenii ale secolului al XX-lea
În 1916 se înființează la Iași Muzeul de Antichități, de către profesorul Orest Tafrali, care era deja de trei ani titularul Catedrei de Arheologie și Antichități de la Universitatea din Iași, Muzeul de Antichități a constituit “laboratorul” Catedrei înființate la Universitatea ieșeană în 1895, contribuind în mod consistent la impulsionarea cercetărilor de teren și la creșterea colecțiilor de materiale arheologice. Activitatea de cercetare științifică din cadrul Muzeului, coroborată cu cea didactică, de la Universitatea ieșeană, a făcut necesară înființarea unui institut de specialitate în domeniul istoriei și arheologiei, ceea ce l-a determinat pe profesorul Ilie Minea să propună transformarea Seminarului de Istoria Românilor, al cărui director era, în Institut de Istoria Românilor.
Intervențiile către Ministerul Educației Naționale, Cultelor și Artelor s-au materializat abia în anul 1941. Astfel, Seminarul de Istorie al Universității “Al. I. Cuza” este transformat în Institutul de Istoria Românilor “A.D. Xenopol”; prin eforturile profesorului Alexandru Boldur (succesorul lui Ilie Minea), în 1943 s-a instituționalizat activitatea Institutului de Istorie Națională “A.D. Xenopol”, ca unitate de cercetare distincta, în cadrul Ministerului Culturii Naționale și al Cultelor.
În 1964 s-a reconstituit Institutul de Istorie și Arheologie “A.D. Xenopol”, pe lângă Academia Româna. Încă din 1953, în cadrul Institutului a fost înființată Secția de Istorie Veche și Arheologie, care a coordonat, pana în 1968, activitatea Muzeului de Antichități, transformat, în 1957, în Muzeul de Istorie a Moldovei.
In perioada de după 1953, Institutul de Istorie și Arheologie “A.D. Xenopol” din Iași a devenit centrul cercetărilor în domeniul arheologiei, nucleul de activitate a specialiștilor din Iași, de la Facultate și Muzeu. Inițierea publicației Arheologia Moldovei în 1961 a creat posibilitatea tipăririi rezultatelor cercetărilor proprii, dar și ale colegilor din întreaga țară.
Dându-se curs demersurilor unor cercetători ieșeni, susținute de academicianul D.M. Pippidi, președintele Secției de Științe Istorice și Arheologie a Academiei Romane, la 3 martie 1990 Secția de Arheologie a Institutului de Istorie și Arheologie “A. D. Xenopol” a devenit INSTITUTUL DE ARHEOLOGIE, sub egida Filialei Iași a Academiei Române.